Pada 1999, ia kembali dirotasi menjadi hakim di PN Baturaja. Empat tahun kemudian, Syarifuddin dipromosi sekaligus “hijrah” ke Ibu Kota menjadi hakim PN Jakarta Selatan (2003). Dua tahun berkarier di PN Jakarta Selatan mengantarkan Syarifuddin pertama kalinya menjadi pimpinan pengadilan, Wakil Ketua PN Bandung pada 2005-2006. Tak lama kemudian, di pengadilan yang sama, ia diberi kepercayaan sebagai Ketua PN Bandung pada 2006 hingga 2011.
Sejak 2011, kariernya terus menanjak hingga mendapat promosi sebagai Hakim Tinggi pada Pengadilan Tinggi Palembang. Di tahun yang sama, penyandang gelar Doktor Hukum dari Universitas Katolik Parahyangan Bandung ini dipercaya menjabat sebagai Kepala Badan Pengawasan MA. Jabatan eselon I ini diembannya hingga terpilih menjadi hakim agung pada tahun 2013.
Dua tahun kemudian, Syarifuddin dipercaya mengemban amanah sebagai Ketua Kamar Pengawasan MA (2015). Kurang dari setahun menjabat sebagai Ketua Kamar Pengawasan, ia terpilih secara demokratis sebagai Wakil Ketua MA Bidang Yudisial pada “Pemilu MA” yang dilaksanakan pada 14 April 2016. Dia menggantikan Prof Mohammad Saleh yang purnabhakti pada 1 Mei 2016.
Jabatan Wakil Ketua MA Bidang Yudisial ini akan segera dilepas meski periode jabatannya masih tersisa hingga tahun 2021 lantaran terpilih menjadi Ketua MA menggantikan M. Hatta Ali. Kini, Syarifuddin menjadi orang nomor 1 di lembaga peradilan tertinggi di Indonesia hingga usia 70 tahun pada 17 Oktober 2024 mendatang. Baca Juga: Beragam harapan terhadap Ketua MA Baru
Di luar karier sebagai hakim, sejak 16 Desember 2019, M. Syarifuddin dipercaya menjadi Ketua Umum Ikatan Alumni UII Yogyakarta periode 2019-2024, menggantikan Mahfud MD sebagai Ketua Umum IKA UII selama dua periode. Dia didampingi Advokat Ari Yusuf Amir sebagai Sekjen IKA UII.
Selamat menjalankan tugas Dr. Syarifuddin, semoga Peradilan Indonesia semakin agung.